É autodidacta e iniciou o seu percurso profissional nas casas de fado no início dos anos 90. Tocou durante muito tempo na Viela, no Sr. Vinho, no Embuçado e no Faia.

Em 1993 grava o primeiro disco com Mísia e inicia uma fase de trabalho intensivo, entre gravações e espectáculos, que o têm levado a todo o mundo. Destaca-se ainda a gravação da banda sonora composta por José Mário Branco para o filme “Raíz do Coração” de Paulo Rocha em 2000. Ganhou em 2004 o prémio Francisco Carvalhinho e já em 2008 o prémio Fundação Amália Rodrigues, ambos para melhor instrumentista.

José Manuel Neto é actualmente o mais brilhante guitarrista de fado. Dotado de uma técnica evoluída e com uma sensibilidade e uma criatividade únicas, está na linha dos fora de série que têm escrito a história da guitarra portuguesa, como Armandinho, Jaime Santos ou José Nunes.

Tem desenvolvido, dentro dos canones do fado, um estilo próprio marcado pela fluidez, versatilidade e simplicidade frásica que caracteriza a melhor música popular. O seu trabalho tornou-se indispensável para artistas como Camané, Mísia, Ana Moura, Aldina Duarte ou Carlos do Carmo, com quem tem gravado alguns dos discos de fado mais importantes deste início de século.

A título individual é autor de um repertório assente na música de raíz portuguesa onde se mistura o fado e a música tradicional, enriquecida de uma complexidade harmónica que abre as portas ao improviso e às liberdades poéticas do jazz.